Lahir di Daerah Okayama, Masashi Kishimoto telah mula melukis sejak usia pra-sekolah lagi. Dia mengidamkan untuk menjadi seorang pelukis komik ketika masih di sekolah rendah. Salah satu siri manga yang diminati Kishimoto ialah Doraemon. Kishimoto juga ialah peminat manga Dragon Ball dan Dragon Ball Z, dan pengarang manga itu Akira Toriyama. Dia juag merupakan peminat One Piece, Ghost in the Shell, dan Akira. Kishimoto juga pernah berkata dia amat mengagumi hasil kerja Toriyama sehinggakan ia memainkan peranan yang besar dalam penghasilan manga Naruto.